Để giúp cho việc tìm hiểu và khám phá những bí ẩn của thiên nhiên, hiện tại vườn quốc gia đã xây dựng được nhiều các hoạt động du lịch mà du khách có thể lựa chọn và tham gia.

Đi bộ
Cúc Phương đã xây dựng được nhiều tuyến đi bộ trong rừng, với nội dung và thời gian khác nhau, du khách có thể lựa chọn cho mình những tuyến phù hợp. Một số tuyến chính: Khám phá bí ẩn thiên nhiên Cúc Phương; Tìm hiểu các giá trị khảo cổ Cúc Phương; Tìm hiểu văn hoá Cúc Phương; Tuyến tìm hiểu thiên nhiên, văn hoá và lịch sử Cúc Phương. 

Xem động vật hoang dã vào buổi tối
Tuỳ thuộc vào điều kiện thời tiết, vườn quốc gia có thể tổ chức tour xem động vật hoang dã ở trong rừng vào buổi tối. Thực hiện tuyến này du khách sẽ có cơ hội được nhìn thấy một số loài động vật hoang dã ở Cúc Phương như: Sóc đen, sóc bay, hoẵng, culi và một số loài thú ăn thịt nhỏ

Xem chim
Cúc Phương là một trong những điểm đa dạng nhất về chim ở miền Bắc Việt Nam. Với 307 loài đã phát hiện và thống kê được, trong đó có nhiều loài quý hiếm như: Gõ kiến đầu đỏ, gà lôi trắng, niệc nâu, đuôi cụt bụng vằn…, đặc biệt có nhiều là loài đặc hữu của Việt Nam và Đông Dương. Vì vậy Cúc Phương đã trở thành một địa điểm không thể bỏ qua đối với các nhà khoa học và các nhà xem chim. 

Đạp xe trong rừng
Một trong những hình thức khám phá bí ẩn của thiên nhiên Cúc Phương đó là đạp xe đạp xuyên qua rừng. Đạp xe trong rừng sẽ mang lại cho du khách không chỉ những cảm giác yên tĩnh, cảm nhận thực sự về thiên nhiên mà còn giúp cho du khách có được những cơ hội để khám phá những loài chim, động vật bí ẩn ở Cúc Phương. (Du khách có thể thuê xe đạp địa hình tại phòng lễ tân)

Quan sát các loài bò sát, lưỡng cư và côn trùng
Cúc Phương cũng là điểm rất đa dạng về bò sát, lưỡng cư và côn trùng, nhiều loài là đặc hữu của Cúc Phương và Việt Nam. Một số loài dễ bắt gặp và có hình dạng kỳ lạ như: Rắn lục, ếch xanh hay các loài bọ que… 
 

Thăm các điểm đa dạng sinh học
Hiện tại Cúc Phương đã thống kê được 43 điểm đa dạng sinh học, đây là kết quả từ sự hợp tác nghiên cứu giữa vườn quốc gia Cúc Phương và nhóm hợp tác nghiên cứu đa dạng sinh học quốc tế (ICBG). Thăm các điểm đa dạng sinh học này du khách sẽ có nhiều cơ hội để học tập và tìm hiểu các loài thực vật nhiệt đới.