Đến với Cúc Phương ngoài việc chiêm ngưỡng những vẻ đẹp của thiên nhiên nguyên sơ, du khách còn được thăm các công trình khoa học, các trong tâm bảo tồn đã và đang được thực hiện trong Vườn.

Trung tâm du khách
Trung tâm du khách được xây dựng với mục đích cung cấp các thông tin về giá trị của tài nguyên thiên nhiên, môi trường Cúc Phương và nâng cao nhận thức bảo tồn đối với khách du lịch cũng như cộng đồng địa phương đang sinh sống xung quanh Vườn. 

Vườn thực vật
Vườn thực vật Cúc Phương được xây dựng năm 1975 nhằm mục đích gây trồng và bảo tồn nguồn gen các loài thực vật quý hiếm của Cúc Phương, Việt Nam và một số loài trên thế giới. Đây cũng là nơi nuôi bán hoang dã một số loài động vật như: Voọc, vượn, hươu, nai. Vườn thực vật là nơi có không gian yên tĩnh, không khí trong lành, vì vậy đây là địa điểm hấp dẫn và phù hợp cho việc đi bộ. Đặc biệt vào lúc sáng sớm hoặc chiều tối, tại đây du khách có thể bắt gặp một số loài chim quý hiếm, may mắn hơn có thể bắt gặp các loài vượn, voọc đang chuyền cành. 

Trung tâm cứu hộ thú linh trưởng (EPRC)
Được thành lập năm 1993, trung tâm hiện đã và đang cứu hộ 130 cá thể vượn, voọc và culi, thuộc 15 loài và phân loài, trong đó có một số loài là loài đặc hữu của Việt Nam. Đặc biệt hơn trung tâm đã rất thành công trong chương trình cho động vật hoang dã sinh sản trong điều kiện nuôi nhốt và thả lại môi trường bán hoang dã, tạo điều kiện cho việc thả động vật trở lại tự nhiên trong tương lai. Trung tâm là một trong những điểm tham quan nổi bật ở Cúc Phương.

Giờ mở cửa:

Buổi sáng: 9:00 – 11:00

Buổi chiều: 13:30 – 16:00

Để thăm trung tâm, du khách bắt buộc phải có hướng dẫn viên của vườn quốc gia đi cùng và tuân thủ mọi nội quy của trung tâm đề ra. 

Chương trình bảo tồn thú ăn thịt nhỏ
Trong 10 năm qua Cúc Phương cũng đã thực hiện chương trình bảo tồn đối với loài thú ăn thịt nhỏ. Khởi đầu là chương trình bảo tồn và cho sinh sản đối với loài cầy vằn, hiện chương trình đang được mở rộng lên tầm cỡ quốc gia, tập trung bảo tồn một số loài như: Cầy, chồn, rái cá, tê tê. Ngoài công tác bảo tồn các loài thú, chương trình cũng đã và đang thực hiện công tác nghiên cứu ngoài thực địa, tập huấn cho lực lượng kiểm lâm và nâng cao nhận thức bảo tồn đối với khách du lịch. 

Cầy vằn là loài thú ăn thịt nhỏ rất nhạy cảm và chủ yếu hoạt động vào ban đêm vì thế đây là điểm không dành cho khách tham quan.

Trung tâm bảo tồn rùa (TCC)

Trung tâm bảo tồn rùa được thành lập nhằm cứu hộ các loài rùa được tịch thu từ các vụ buôn bán trái phép. Hiện tại trung tâm đang cứu hộ với tổng số 16 loài rùa nước ngọt và rùa trên cạn, nhiều loài đang có nguy cơ bị tuyệt chủng do môi trường sống bị phá huỷ hoặc bị săn bắt làm dược liệu, thực phẩm. Trung tâm cũng đã và đang tập trung vào việc cho sinh sản trong điều kiện nuôi nhốt đối với 5 loài rùa khác nhau và thực hiện công tác nâng cao nhận thức bảo tồn cũng như tổ chức nghiên cứu khoa học.