Đi bộ trong rừng nguyên sinh.
Cúc Phương đã xây dựng được nhiều tuyến đi bộ trong rừng, với nội dung và thời gian khác nhau, du khách có thể lựa chọn cho mình những tuyến phù hợp, một số tuyến đi bộ du khách có thể tự khám phá, tuy nhiên với sự hướng dẫn, giới thiệu của hướng dẫn viên, chắc chắn chuyến đi của du khách sẽ trở nên thú vị và ý nghĩa hơn. Tuyến cắm trại và ngủ đêm trong rừng, tuyến đi bộ dài ngày lên khu bảo tồn Ngọc Sơn, khu bảo tồn Pù Luông là những tuyến hấp dẫn được nhiều du khách quan tâm.

Du lịch sinh thái có sự tham gia của cộng đồng.
Thiên nhiên Cúc Phương vô cùng quan trọng, là nguồn tạo lập sinh kế cho cộng đồng địa phương, du lịch sinh thái có sự tham gia của cộng đồng là giải pháp quan trọng, góp phần cải thiện đời sống nhân dân. Với một hoặc hai đêm nghỉ lại tại bản Mường, du khách đã góp phần tạo thu nhập cho người dân, hỗ trợ công tác bảo tồn. Trong thời gian ở bản, người Mường với lòng nhiệt tình, mến khách sẽ mang lại cho du khách thời gian thoải mái và cơ hội để tìm hiểu, khám phá những nét văn hoá bản địa độc đáo.

Xem động vật hoang dã ban đêm.
Tuỳ thuộc vào điều kiện thời tiết, Vườn quốc gia có thể tổ chức chương trình xem động vật hoang dã ban đêm, thực hiện chương trình này du khách sẽ có cơ hội được nhìn thấy một số loài động vật hoang dã như: Sóc đen, Sóc bay, Hoẵng, Culi và một số loài thú ăn thịt nhỏ.

Xem chim.
Cúc Phương là một trong những điểm đa dạng nhất về khu hệ chim ở miền Bắc Việt Nam, với 308 loài đã được phát hiện và thống kê, trong đó có nhiều loài quý hiếm như: Gõ kiến đầu đỏ, Gà lôi trắng, Niệc nâu, Đuôi cụt bụng vằn…, đặc biệt có nhiều là loài đặc hữu của Việt Nam và Đông Dương. Vì vậy, Cúc Phương đã trở thành một địa điểm không thể bỏ qua đối với các nhà khoa học và các nhà xem chim. Thời điểm tốt nhất để xem chim là buổi sáng sớm và chiều tối.

Đạp xe trong rừng.
Một trong những hình thức khám phá bí ẩn của thiên nhiên Cúc Phương đó là đạp xe đạp trong rừng. Đạp xe trong rừng sẽ mang lại cho du khách không chỉ những cảm giác yên tĩnh, cảm nhận thực sự về thiên nhiên mà còn giúp cho du khách có được những cơ hội để bắt gặp những loài động vật khó gặp ở Cúc Phương.
(Du khách có thể thuê xe đạp địa hình tại phòng lễ tân) .

Quan sát các loài bò sát, lưỡng cư và côn trùng.
Cúc Phương là điểm đa dạng về bò sát, lưỡng cư và côn trùng. Hiện tại Vườn quốc gia đã điều tra và thống kê được 110 loài bò sát và lưỡng cư, 1899 loài côn trùng, trong đó có nhiều loài là loài đặc hữu của Cúc Phương và Việt Nam. Một số loài dễ bắt gặp và có hình dạng kỳ lạ như: Rắn lục, Êch xanh hay các loài bọ que…

Thăm các điểm đa dạng sinh học.
Hiện tại Cúc Phương đã thống kê được 43 điểm đa dạng sinh học, đây là kết quả từ sự hợp tác nghiên cứu giữa Vườn quốc gia Cúc Phương và nhóm hợp tác nghiên cứu đa dạng sinh học quốc tế (ICBG), thăm các điểm đa dạng sinh học này du khách sẽ có nhiều cơ hội để học tập và tìm hiểu các loài thực vật nhiệt đới.

Chương trình văn nghệ dân tộc.
Đến với Cúc Phương, ngoài cơ hội chiêm ngưỡng những vẻ đẹp mà tạo hoá ban tặng, du khách còn được thưởng thức những điệu múa, những bài hát truyền thống của dân tộc Mường và các dân tộc vùng cao, những chàng trai, cô gái Mường trong trang phục truyền thống bên ánh lửa trại bập bùng sẽ mang lại cho du khách một đêm rừng đầy thú vị. Hoạt động này được xây dựng nhằm bảo tồn và phát huy truyền thống văn hoá các dân tộc vùng núi nói chung và văn hoá dân tộc Mường nói riêng.

Bơi thuyền kayak.
Nghỉ lại tại Cúc Phương, du khách có thể tham gia nhiều hoạt động giải trí, thư giãn. Chèo thuyền kayak trên hồ Mạc và hồ Yên Quang là một trong những hoạt động hấp dẫn được nhiều du khách ưa thích.